Konzept zur Durchführung von Next Generation Sequencing (NGS)

Die Klinikum Chemnitz gGmbH betreibt im Institut für Pathologie eine Molekular-Pathologie, in der aktuell ca. 400 bis 500 Sequenzierungen pro Jahr von Tumormarkern durchgeführt werden. Es wird eingeschätzt, dass die Anzahl auf 650 bis 700 pro Jahr steigen wird. Die Hochdurchsatz-Sequenzierung (Next-Generation-Sequencing, NGS) ist heute Standard in der molekularen Diagnostik, da sie die gleichzeitige Analyse hunderter Gene bzw. Biomarkern erlaubt. Die Identifikation von genetischen Veränderungen in Gewebe und Blut bildet das Fundament der personalisierten Präzisionsonkologie, um zielgerichtete Therapien exakt an das molekulare Biomarkerprofil eines Tumors anzupassen. Das Institut für Pathologie soll mit einem Sequenziergerät ausgestattet werden, das es ermöglicht mit den sich schnell entwickelnden Anforderungen und Vorgaben des Berufsverbandes Deutscher Pathologinnen und Pathologen e.V. (BDP) und der Deutschen Gesellschaft für Pathologie (DGP) zu entsprechen. Dazu soll im Verhandlungsverfahren eine konzeptionelle Lösung angeboten werden, die folgende Mindestanforderungen beinhaltet: • Ermittlung genetischer Alterationen auf DNA- und RNA-Ebene (aus FFPE, Liquid Biopsy • Sicherstellung von Ringversuchen • Sarkom-Diagnostik auf Basis spezifischer Genfusio-Bestimmung • Sequenzierung von mehr als 500 Biomarkern (HRD, TMB, MSI) • Möglichkeit der WES-Sequenzierung • Kompatibilität für den Einsatz von Fremd-Assays „Offenes System“ • Vollautomatisches System • Möglichkeit zur Darstellung polyrepetiver Sequenz-Bereiche • Datenauswertung und Datenanalyse Aufgrund der Komplexität der Umstellung des NGS wird mit einer erheblichen Einarbeitungsphase gerechnet, die in ihrem zeitlichen Ausmaß noch nicht beziffert werden kann. Wir erwarten von den Bewerbern/Bietern höchste fachliche Expertise, die in 3 Referenzen (Anforderungen siehe Formular KCLW-V13 Eigenerklärung zur Eignung) nachzuweisen ist.